La principal patología que afecta a la integridad estructural del edificio es la humedad tanto por filtración, capilaridad o incluso por el subsuelo. La humedad por filtración se da sobre todo en la cubierta y en las terrazas lo que ha provocado numerosas e importantes goteras concretamente en la bóveda de la nave principal. Estas goteras permiten el deterioro de las cerchas de madera lo que supone un alto riesgo de inestabilidad de la bóveda. Todo debido a que existe un fallo conceptual en la disposición de la capa de ladrillos en la cubierta ejecutada en la última fase de ampliación, esto provoca un desplazamiento de las tejas y la consiguiente aparición de goteras.

Además de afectar a la cubierta a dos aguas de la nave principal, también existen importantes filtraciones en las naves colaterales que tienen como consecuencia el deterioro de los elementos estructurales que ponen en peligro la estabilidad estructural del forjado.

A su vez, las filtraciones también penetran hasta las falsas bóvedas y arcos de la nave colateral dañando la capa pictórica y también han provocado lavados muy profundos de los enlucidos de las paredes de las torretas.

Las subidas de humedad capilares que se observan en los muros y pilares de la iglesia tienen su efecto más evidente en la presencia de sales minerales. Este fenómeno tiene un efecto negativo para la estabilidad del edificio por la disgregación de los morteros y la pérdida de cohesión, pero también en pinturas, mármoles y pavimentos.

Los efectos de la humedad también son visibles en las manchas en el suelo y en los muros debajo de las vidrieras y con la aparición de microorganismos y vegetación en las fachadas y cubiertas.

La evacuación de aguas es otro problema a abordar en el Proyecto puesto que en la actualidad el sistema desagüe no tiene la capacidad suficiente para recoger toda el agua del tejado de la nave principal, la nave lateral y de las pistas de tenis.

Otra de las grandes patologías de preocupación evidente para la conservación del edificio son los movimientos de vuelco y apertura de los muros y bóvedas que se deben a los asentamientos diferenciales del terreno por un subsuelo inestable y una sedimentación con poca cohesión dada la cercanía con el antiguo cauce del rio. Por lo que las grietas son evidentes en múltiples puntos del templo.

El deterioro de las pinturas es una afección derivada de la presencia de grandes cantidades de humedad en el interior de los muros y tabiques. Las principales patologías que presentan las pinturas de la Iglesia son:

Pérdidas por agrietado, laminado y desconchado del estrato pictórico.
Deterioro de las pinturas a consecuencia de las sales presentes por la humedad por capilaridad.
Suciedad superficial.
Oxidación en las obras pictóricas en las que se empleó láminas de oro falso.

La espadaña, uno de los elementos más simbólicos del edificio, presenta grietas, afecciones en los enlucidos, desprendimientos en la cara norte e incluso presencia de vegetación y microorganismos.

A su vez, cabe destacar que la iglesia sufrió un incendio que afectó a la estructura de madera de la cubierta, aunque la carbonización fue superficial y no hubo mayores daños.

El edificio también acucia deterioros en elementos de la fachada como cubiertas, molduras, estructuras y barandillas. De la cornisa del tejado principal actualmente se desprenden trozos.

El estado general de las vidrieras está considerado como alto a consecuencia de las inclemencias del tiempo sobre los vidrios, plomos y demás elementos, la suciedad acumulada que provoca una dificultad en la lectura de los vidriales y la pérdida de luminosidad y concreción en los dibujos. Las roturas de algunos vidrios así como la falta de calidad de los plomos y el óxido.

Aunque la mayor parte de la madera del edificio se encuentra en un estado de conservación bueno. Se ha detectado alguna zona con actividad pasada de termita así como la presencia de hongos y microorganismos en los pavimentos de las terrazas de las naves colaterales.

Las dos torretas en las que se ubican las escaleras de acceso al coro y las terrazas sufren afecciones tanto en el interior como en el exterior. El deterioro de la cúpula de las torretas provoca filtraciones y el crecimiento de vegetación.

La carpintería de madera de las puertas de acceso se encuentra en un estado de degradación avanzado. Y en las ventanas hay roturas de trozos de cristal.

Para finalizar las fachadas presentan un deterioro superficial en el enlucido además de manchas de polución atmosférica y agua de lluvia y presencia de microorganismos.